Черепашки отдыхают под жарким солнцем на пляже в Майами и смотрят новости по телевизору, но вдруг трансляция прерывается и вместо Эйприл О’Нил на экране появляется Шреддер и берёт Эйприл в заложники. Шреддер вместе с Крэнгом заняли остров Манхеттен и подняли весь остров в воздух. Черепашкам нужно сразиться с Шреддером и его компаньоном Крэнгом, безопасно опустить остров на землю и, конечно же, освободить Эйприл.