Черепашки-ниндзя должны спасти мир от разрушительных планов Босса Крэнга по превращению планеты в новое Измерение Х. Злой завоеватель создает армию ультра-мутантов - для этого крэнги открыли охоту на черепашек-ниндзя, чтобы заполучить их ДНК, и даже сумели схватить их. Времени мало, и чтобы спасти братьев, которых Крэнги держат в Измерении Х, Леонардо должен собрать в команду и друзей, и врагов, чтобы сражаться с Крэнгами на фоне знакомого по мультсериалу Нью-Йорка.