Warhammer 40,000: Rogue Trader рассказывает о роли Вольного Торговца — лидера могущественной династии, владеющей планетарными системами. Главный герой, Вольный Торговец Теодора фон Валанциус, погибает при попытке переворота на своём флагманском корабле. Игрок как её ближайший родственник заступает на пост и должен вести династию к процветанию, обеспечивая выживание и восстановление протектората.