Выживший учёный Даг Раттман после уничтожения GLaDOS помещает Челл в камеру консервации. По техническим причинам ему не удаётся выставить дату пробуждения. Долгое время Лаборатория исследования природы порталов пребывала в запустении и о GLaDOS ничего не было слышно. Очнувшуюся Челл встречает один из многочисленных модулей персональности по имени Уитли, который соглашается проводить её к спасательной капсуле. В результате они попадают в комнату управления, где, пытаясь подать питание на спасательную капсулу, Уитли случайно включает GLaDOS. GLaDOS, однако, не спешит мстить Челл; вместо этого она возобновляет испытания с портальной пушкой и одновременно с этим принимается за восстановление разрушенной Лаборатории.