Сюжет приводится по японской версии игры. Спустя два года, после прошлых столкновений, в 2636 году пришельцы, потерпевшие поражение от бойцов Contra, начинают полномасштабное вторжение на Землю. Спустя полгода герои прошлых сражений, Билл и Лэнс высаживаются в разрушенном городе, захваченном пришельцами