События триквела «F.E.A.R. 3» разворачиваются спустя девять месяцев после событий первых двух частей. Оперативный сотрудник «F.E.A.R.» (англ. Point Man), протагонист первой части, был захвачен спецназом «Армахем Технолоджи» после крушения вертолёта UH-60 Black Hawk и помещён в тюрьму в Бразилии.