Место действия игры разворачивается на Карибском архипелаге, который по размерам превосходит Assassin's Creed III. Предком является новый персонаж, Эдвард Кенуэй — английский капер, пират и ассасин, а также отец Хэйтема и дедушка Коннора. В наше время главным героем является Аналитик Абстерго Энтертейнмент, который исследует генетическую память Дезмонда Майлса.