Действие разворачивается в конце XV — начале XVI века. После событий второй части Эцио возвращается в свою виллу в Монтериджони, но мир длится недолго. На город нападает армия Чезаре Борджиа, сына папы римского Родриго Борджиа. Монтериджони разрушен, а дядя Эцио, Марио, погибает на глазах героя.